HA bind zich aan een tot op heden onbekende [[glycoproteineglycoproteïne]] op de membraan van de doelwitcellen. Dit zorgt ervoor dat het virus aan de membraan plakt. De membraan sluit zich dan om het virus heen, zodat het virus zich binnen de celmembraan bevindt. Het virus en de doelwitcel zijn dan nog slechts van elkaar gescheiden door een membranen (dit noemt men een '[[endosoom]]'). De doelwitcel zal dan proberen het virus 'op te eten' door zijn pH waarden te verzuren ([[lyosoom]]). Echter, zodra de pH waarde binnen de endosoom onder de 6.0 zakt, wordt het HA molecuul instabiel en begint het zich gedeeltelijk te ontvouwen. Dit zorgt ervoor dat een hoog [[hydrofoob]] gedeelte van de [[peptide]]-keten, dat eerst binnen in het molecuul verborgen zat, vrijkomt. Deze zogenaamde "fusie-peptide" functioneert als een soort enterhaak dat zich in het membraan van de doelwitcel haakt. Dan, als de rest van het HA molecuul zich in zijn nieuwe vorm vouwt (de nieuwe vorm is stabieler op de lagere pH waarde), trekt het de 'enterhaak' terug waardoor het de celmembraan tegen het virusmembraan aantrekt. Hierdoor fuseren deze twee, waardoor het virus, inclusief zijn RNA genoom, in de doelwitcel's [[cytoplasma]] kan stromen.
(Zie ook: [http://www.rcsb.org/pdb/static.do?p=education_discussion/molecule_of_the_month/pdb76_1.html PDB molecule of the month: Hemagglutinin (April 2006)])
