Deelname was beperkt tot clubs uit de eerste vijftien landen op de AFC-ranglijst. Uit Australië (in 2006 lid geworden van de AFC) namen voor het eerst clubs deel, Thailand en Vietnam moesten hiervoor elk een plaats afstaan. Hun tweede club werd door verwezen naar de AFC Cup 2007.
Titelhouder Jeonbuk Hyundai Motors was tot de kwartfinale vrij gesteld van spelen. In de deze fase moesten 28 clubs (2 uit elk land, behalve Thailand en Vietnam) in zeven groepen van vier strijden voor de overige zeven plaatsen in de kwartfinale. Esteghlal FC uit Iran en werd na de loting van deelname uitgesloten vanwege te late inlevering van de spelerslijst.