Goes was van 2 oktober2004 tot en met 29 juni2007 bondscoach van Estland. In die functie volgde hij een andere Nederlandse trainer op, Arno Pijpers, wiens assistent-coach hij daarvoor was. Op 29 juni 2007 stapte hij op als Ests bondscoach in overleg met de Estse voetbalbond. Hij had de nationale selectie in totaal 29 duels onder zijn hoede.
Ondanks een aantal aanbiedingen van Nederlandse profvoetbalclubs vervolgde Goes zijn carrière in Rusland. Op 10 augustus 2007 trad hij aan als technisch directeur bij CSKA Moskou. Hij was er op organisatorisch en tactisch vlak verantwoordelijk voor de ontwikkeling van de clubspelers, vanaf de jeugdteams tot en met het eerste elftal. Daarnaast bleef Goes tot het einde van 2007 UEFA-contactpersoon voor Estland en hield hij zich op afstand bezig met een aantal technische zaken rondom het nationale elftal.
Goes werd op 4 december 2009 terug naar Nederland gehaald door PSV. Daar tekende hij een contract dat hem met ingang van 1 januari 2010 voor 4,5 jaar hoofd opleidingen maakte. In september 2012 vertrok hij bij PSV om aan de slag te gaan bij Anzji Machatsjkala, waar Guus Hiddink hoofdtrainer was.[1] In 2013 trad hij aan als technisch manager van de KNVB.[2] Hij werkte hier aan het plan Winnaars van Morgen, dat de Nederlandse jeugdopleiding moest verbeteren. De KNVB adopteerde het plan, maar na het aanstellen van Hans van Breukelen als technisch directeur, was zijn rol uitgespeeld. In eerste instantie kreeg hij nog de verantwoordelijkheid over het Nederlandse jeugdelftal, maar in 2017 werd hij door Van Breukelen aan de kant geschoven.[3] Ook heeft hij een goede band met oud Nac Breda speler Uroš Matić.
Op 3 maart 2021 werd bekend dat Goes aan de slag zou gaan als technisch manager van de Israëlische voetbalbond, waar hij een contract voor twee jaar tekende.[4]
Nederland
Letland – Estland 
Rusland – Estland 
Thailand – Estland 
Hongarije – Estland 
Venezuela – Estland 
Finland – Estland 
Polen – Estland .svg){kind=small}
Noord-Ierland – Estland 
Turkije – Estland 
Slovenië – Estland 
