Heptad repeat

De heptad repeat is een voorbeeld van een structuurmotief dat bestaat uit een zich herhalend patroon van zeven aminozuren:^[1]

  a b c d e f g
  H P P H C P C

waarbij H hydrofobe aminozuurresiduen vertegenwoordigt, vertegenwoordigt C doorgaans geladen residuen en P polaire (en daarom hydrofiele) residuen. De posities van de zeventalherhalingen worden gewoonlijk aangegeven met de kleine letters a tot en met g en bij verder voortzetting , a' tot en met g', a'' tot en met g'' enz..

Coiled-coil motief. Helicaal wiel-diagram van een leucineritsmotief, waar d staat voor leucine, omgeven door aminozuren aan twee parallelle alfa helices met de wisselwerking van de aminozuurresiduen a en d' (a' en d).

Deze motieven vormen de basis voor de meeste coiled-coil structuren, waarbij de α-helices linkshandig rond elkaar gedraaid zijn en in het bijzonder, het bZIP-domein (leucineritsmotief), dat overwegend leucine in de d-positie van de heptad repeat heeft.^[2]

Een conformationele verandering in een heptad repeat van het SARS-CoV-2 spike-eiwit vergemakkelijkt de toegang van het virus tot het gastheercelmembraan.^[3]

Externe link bewerken

(en) Heptad repeat sciencedirect

Referenties bewerken

↑ Seroski, Dillon T., Hudalla, Gregory A. (2018). Biomedical Applications of Functionalized Nanomaterials. DOI:10.1016/B978-0-323-50878-0.00019-7, "Self-Assembled Peptide and Protein Nanofibers for Biomedical Applications", 569–598. ISBN 978-0-323-50878-0.
↑ Chambers P, Pringle CR, Easton AJ (1990). Heptad repeat sequences are located adjacent to hydrophobic regions in several types of virus fusion glycoproteins. The Journal of General Virology 71 (12): 3075–80. PMID 2177097. DOI: 10.1099/0022-1317-71-12-3075.
↑ Jackson CB, Farzan M, Chen B, Choe H (2022). Mechanisms of SARS-CoV-2 entry into cells. Nature Reviews Molecular Cell Biology 23 (1): 3-20. PMID 34611326. PMC 8491763. DOI: 10.1038/s41580-021-00418-x.

[1] Seroski, Dillon T., Hudalla, Gregory A. (2018). Biomedical Applications of Functionalized Nanomaterials. DOI:10.1016/B978-0-323-50878-0.00019-7, "Self-Assembled Peptide and Protein Nanofibers for Biomedical Applications", 569–598. ISBN 978-0-323-50878-0.

[2] Chambers P, Pringle CR, Easton AJ (1990). Heptad repeat sequences are located adjacent to hydrophobic regions in several types of virus fusion glycoproteins. The Journal of General Virology 71 (12): 3075–80. PMID 2177097. DOI: 10.1099/0022-1317-71-12-3075.

[pmid34611326-3] Jackson CB, Farzan M, Chen B, Choe H (2022). Mechanisms of SARS-CoV-2 entry into cells. Nature Reviews Molecular Cell Biology 23 (1): 3-20. PMID 34611326. PMC 8491763. DOI: 10.1038/s41580-021-00418-x.

[1]

[2]

[3]