FC Wageningen kwam voornamelijk uit in de eerste en de tweede divisie. In 1974 wist de club via de nacompetitie voor het eerst te promoveren naar de Eredivisie. FC Wageningen werd in het debuut seizoen in de Eredivisie 18e en degradeerde direct weer naar de eerste divisie, in datzelfde seizoen werd de halve finale van de KNVB Beker gehaald. In 1980 wist de club opnieuw te promoveren, maar wederom belandde het team op de laatste plaats en degradeerde direct weer naar de eerste divisie.
FC Wageningen was een echte cupfighter. In de periode voor het profvoetbal won de club tweemaal de KNVB Beker (1939 en 1948). Na de invoering van het profvoetbal werd vier keer de halve finale gehaald, waarvan drie keer als eerste divisionist.
FC Wageningen leefde na de overgang naar betaald voetbal enkele jaren financieel op het randje, doordat commerciële veranderingen te laat werden doorgezet. Zo was het een van de laatste clubs die een businessclub oprichtten. Het werd weliswaar een succes met inkomsten van zo'n 100.000 gulden per seizoen, maar het kwam te laat om de club financiële zekerheid te garanderen. De hoofdsponsor - Schoenenreus - kwam zelf ook in financiële problemen en verliet de club. Uiteindelijk wist FC Wageningen de schulden nog terug te brengen tot 500.000,- gulden, waarvan het meeste bij de fiscus lag. De gemeente Wageningen en de KNVB waren echter niet van plan om de club de helpende hand toe te steken. De gemeenteraad vond in meerderheid een lening ongeoorloofd. Wageningen ging uiteindelijk failliet in 1992 en verdween toen samen met VCV Zeeland uit de Eerste divisie. Er waren nog wel plannen om met FC Wageningen een doorstart te maken in het betaalde voetbal. Door gebrek aan potentiële sponsors en medewerking van de KNVB strandden de wanhoopspogingen van de initiatiefnemers.
De amateurtak bestaat nog steeds onder de naam WVV Wageningen en voetbalt op het sportterrein De Zoom in Wageningen.
Op woensdagavond 21 december 1977 speelt eerstedivisionist FC Wageningen in Eindhoven tegen PSV een wedstrijd voor de KNVB beker. PSV is op dat moment ongeslagen lijstaanvoerder van de eredivisie met acht tegendoelpunten in achttien wedstrijden. Tegen alle verwachtingen in wint Wageningen de uitwedstrijd met 6-1, nog altijd de grootste thuisnederlaag die PSV ooit heeft geleden. In deze wedstrijd scoorde Jan Menting driemaal.
De aartsrivaal van Wageningen is SBV Vitesse uit Arnhem. De derby’s tegen Vitesse waren reeds voor de invoering van het betaalde voetbal, en later vooral in de jaren zestig en zeventig, zeer beladen en trokken zowel in Wageningen als in Arnhem altijd heel veel toeschouwers. Sinds de invoering van het betaalde voetbal in 1954 speelde FC Wageningen in competitieverband 39 keer de derby tegen Vitesse.
Sinds het faillissement kregen de tribunes en gebouwen van Stadion de Wageningse Berg lange tijd geen onderhoud meer. In 2011 werd om gevaarlijke situaties te voorkomen het dak van de westelijke tribune gesloopt.[1] Het stadion wordt momenteel opgeknapt door enkele fans. Dit werk wordt vrijwillig gedaan, de gemeente Wageningen draagt nog altijd zorg voor het grasveld. De oude kassa's, tribunes en enkele sponsorborden zijn nog aanwezig. De reden dat het stadion in al die jaren niet is afgebroken heeft te maken met de ligging in een beschermd natuurgebied waardoor huizenbouw uit den boze is. Door de jaren heen zijn er plannen geweest om het bijvoorbeeld om te toveren tot een evenemententerrein of een ijsbaan, maar vooralsnog is het daar niet van gekomen. Zo nu en dan is het stadion nog wel gebruikt voor evenementen zoals de introductiedagen van Wageningen Universiteit.
Tegenwoordig wordt hard gewerkt om op de plaats van het voormalige stadion het Future Center Wageningen te realiseren. Dit wordt een expertisecentrum op het gebied van voeding, beweging, gezondheid en persoonlijke ontwikkeling.
Activiteiten die plaats gaan vinden in het Future Center Wageningen zijn onder andere een gezondheids-/kenniscentrum, evenementen en congressen, trainingsfaciliteiten, test- en oefenwedstrijden en een Hall of Fame.
Ook de grasmat wordt nog steeds in perfecte staat gehouden. Er wordt al enige jaren gebruik van het veld gemaakt door buitenlandse ploegen, meestal logeren die in het naastgelegen hotel.
Wageningen treedt toe tot het betaald voetbal treedt toe tot het betaald voetbal De competitie werd na de fusie van de KNVB en de NBVB niet afgemaakt. Alle teams werden opnieuw ingedeeld.