De club werd in 1999 opgericht als lokale voetbalschool in de wijk Saboertalo van Tbilisi. In 2005 werd de voetbalschool overgenomen door de Iberia Business Group en werd er een jeugdopleiding opgezet die jonge spelers moest opleiden voor het profvoetbal. In het seizoen 2013/14 kreeg FC Saburtalo voor het eerst een seniorenteam wat begon in de Pirveli Liga. In het seizoen 2014/15 won FC Saburtalo haar poule in de Pirveli Liga en promoveerde naar het hoogste niveau. In 2018 werd de club voor het eerst landskampioen. De club speelt in het Micheil Meschistadion, en traint in het Bedelastadion middenin de wijk Saboertalo.
Tariel Chetsjikasjvili
